Zu Beginn der Planung war nicht klar, ob man die Gärten des Kloster Neuzelle umfassend wiederherstellt oder lediglich Sicherungsmaßnahmen des Bestands und behutsame Restaurierungen vornimmt. Was auch immer jedoch an Maßnahmen durchgeführt werden sollte, bedurfte einer engen Abstimmung mit der Gartendenkmalpflege.In der Auseinandersetzung mit der Geschichte der barocken Neuzeller Klostergärten zeigte sich jedoch sehr schnell, dass es sich um ein hochkarätiges Gartendenkmal von europäischem Rang handelt. Der Zustand Ende der 90er-Jahre war das eines verwilderten Areals, das zahlreiche Reste barocker Wegeführung, Laubengänge, Mauern, Bäume und Terrassierungen sowie eine ehemalige Orangerie aufwies.
Der im Stiftsatlas dokumentierte Lageplan des Stifts zeigt Gartenanlagen, die sich in ihrer Gestaltung an die in der Barockzeit europaweit benutzten Anleitungen und Musterbücher für die Anlage von Gärten anlehnt. Bei archäologischen Grabungen, die in mehreren Grabungskampanien durchgeführt wurden, konnten die Expert*innen den Lageplan weitgehend bestätigen. Die baugeschichtlichen Recherchen ergaben, dass die Gärten auch nach der Auflösung des Klosters Neuzelle durch Pachtverträge weiter in ihrer barocken Struktur gesichert wurden. Dazu gehörte die Festschreibung der gartenbaulichen Nutzung. Ein Lehrerseminar betrieb dort im 19. und 20. Jahrhundert gartenbaulichen Unterricht sowie Obstbau. In den 1980er-Jahren initiierte das Institut für Denkmalpflege der DDR erste gartendenkmalpflegerische Instandsetzungen und ein Parkaktiv aus Neuzeller Bürger*innen kümmerte sich um die Pflege der Anlagen.